"De ondernemer behoeft de instemming van de ondernemingsraad voor elk door hem voorgenomen besluit tot vaststelling, wijziging of intrekking van [...] een belonings- of een functiewaarderingssysteem." (artikel 27 WOR.) Wat betekent dit concreet? Wanneer is er sprake van vaststellen, wijzigen of intrekken? Waar moet de OR zich wel over buigen en waarover niet?
Een organisatie zal het vaststellen van de beloning van medewerkers in de regel volgens een beloningssysteem laten plaatsvinden. Een beloningssysteem bepaalt de indeling in loongroepen of salarisschalen en de opbouw van het loon, bijvoorbeeld een vast en een variabel deel. Als het beloningssysteem is vastgelegd in een cao, heeft de OR geen instemmingsrecht, omdat de richtlijnen uit de cao worden gevolgd. Maar als de cao de werkgever enige beleidsvrijheid biedt, of er is geen cao, dan heeft de OR instemmingsrecht. Dit recht betreft dan het systeem van belonen en niet de hoogte van het salaris op zich. Salaris is een primaire arbeidsvoorwaarde en valt niet binnen het aandachtsgebied van de OR.
Naast een vast salaris ontvangen steeds meer werknemers een vorm van prestatiebeloning of flexibele beloning. Instemming van de ondernemingsraad is vereist als de werkgever over wil gaan tot invoering van enige vorm van variabele beloning. Ook als een groep personeelsleden beloning ontvangt in de vorm van aandelenopties, is het instemmingsrecht van toepassing. Een individuele salarisverhoging in euro's hoeft niet door de ondernemingsraad te worden beoordeeld.
In een beloningssysteem dient rekening te worden gehouden met de Wet gelijke behandeling van mannen en vrouwen (WGB) en de Algemene wet gelijke behandeling (AWBG); onderscheid op basis van (o.a) sekse, godsdienst en nationaliteit, maar ook arbeidsduur en leeftijd is verboden. Op de website van de Stichting van de Arbeid staan 'Handreikingen' voor dit onderwerp. Ook de FNV biedt informatie: er is een vrouwenloonwijzer en een algemene loonwijzer. Iedereen kan salarisgegevens invoeren en vergelijken.